เมื่อวันที่ 13 มี.ค 59 ที่ผ่านมา ณ ห้องพาโนรามา 1 ชั้น 14 โรงแรมดิเอมเมอรัลด์ กรุงเทพฯ ได้มีพิธีจับสลากประกบคู่การแข่งขันฟุตบอลลีกอาชีพ รายการ "ลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2" ของแต่ละโซน จำนวนทั้งสิ้น 8 โซน โดยมี ศุภสิน ลีลาฤทธิ์ อุปนายกฝ่ายจัดการแข่งขัน สมาคมกีฬาฟุตบอลฯ เป็นประธานในพิธี พร้อมด้วย ชนินทร์ แก่นหิรัญ ฝ่ายกฎหมายสมาคมฯ ซึ่งมีตัวแทนจากทีมในลีกภูมิภาค เข้าร่วมเป็นศักขีพยานในการจับสลากครั้งนี้
โดยในการจับสลากประกบคู่ ปรากฏว่า 3 จาก 4 ทีมจากโซนภาคใต้อย่าง ยะลา ยูไนเต็ด,ปัตตานี เอฟซี และพังงา เอฟซี ที่มีหนังสือตัดสิทธิ์ห้ามเข้าร่วมการแข่งขันก่อนหน้านี้ แต่มีชื่อเข้าร่วมการแข่งขันตามปกติ ขาดเพียงแค่ สุราษฎร์ เอฟซี เพียงทีมเดียวเท่านั้น
จากเรื่องดังกล่าว ชนินทร์ แก่นหิรัญ ฝ่ายกฎหมายสมาคมฯ ได้ชี้แจงถึงสาเหตุที่มีชื่อของ 3 สโมสรอย่างยะลา ยูไนเต็ด,ปัตตานี เอฟซี และพังงา เอฟซี ว่าเหตุใดจึงมีชื่อกลับมาแข่งขันได้ตามปกติ ทั้งที่ก่อนหน้านี้โดนตัดสิทธ์ไปเรียบร้อยแล้วนั้น ซึ่งได้ชี้แจงว่า
"ตามนโยบายของสมาคมกีฬาฟุตบอลฯ หลังจากที่ได้ร่วมกันพิจารณาอย่างละเอียดแล้ว มติที่ประชุมมีความเห็นตรงกันว่า หากตัดสิทธิ์สโมสรดังกล่าว อาจไม่ได้รับความเป็นธรรมมากนัก ทั้งนี้จึงเปิดโอกาสให้สโมสรยะลา ยูไนเต็ด,ปัตตานี เอฟซี และพังงา เอฟซี ได้นำหลักฐานการยื่นคำร้องขอถอนฟ้อง โดยต้องมีตราประทับจากศาลปกครอง ภายใน 7 วัน"
ขณะที่ สพล.สมุทรสาคร ที่โดนตัดสิทธิ์มีตัวแทนมาร้องขอความเป็นธรรม ซึ่งฝ่ายจัดการแข่งขันฯได้ให้โอกาสยื่นหลักฐานต่างๆอีกครั้ง ในวันจันทร์ที่ 14 มี.ค นี้ ซึ่งหากหลักฐานถูกต้องก็จะได้เข้าร่วมการแข่งขันในโซนภาคตะวันตก
ส่วนทีมอย่างหนองบัวพิชญ เอฟซี,เลย ซิตี้ อาร์แอร์ไลน์ และมาแชร์ ชัยภูมิ เอฟซี เดิมทีอยู่โซนภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ถูกโยกไปแข่งขันโซนภาคเหนือ เช่นเดียวกับ ชุมพร เอฟซี ทีมจากภาคใต้ที่โดนย้ายไปเล่นโซนภาคตะวันตก รวมถึงอัสสัมชัญ ยูไนเต็ด จากโซนกรุงเทพฯ ก็โดนย้ายไปโซนตะวันตกเช่นกัน
ผลการจับสลากประกบคู่นัดประเดิมสนามลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 ฤดูกาล 2016 มีดังต่อไปนี้ โซนภาคกลาง มาแชร์ ชัยภูมิ เอฟซี พบ อยุธยา วอริเออร์, นครสวรรค์ เอฟซี พบ อยุธยา ยูไนเต็ด,พานทอง เอฟซี พบ สิงห์บุรี บางระจัน เอฟซี,อยุธยา เอฟซี พบ สระบุรี ทีอาร์ยู เอฟซี และปากน้ำโพ เอ็นเอสอาร์ยู พบ อุทัยธานี ส่วนพีทียู ปทุมธานี เอฟซี ยังไม่ลงแข่งขันในสัปดาห์แรก
โซนภาคตะวันออก ตราด เอฟซี พบ ฉะเชิงเทรา ไฮเทค เอฟซี,T.A เบญจมราชูทิศ พบ พัทยา ซิตี้,ปราจีนบุรี ยูไนเต็ด พบ นครนายก เอฟซี,สมุทรปราการ เอฟซี พบ นาวิกโยธิน ยูเรก้า เอฟซี,สระแก้ว เอฟซี พบ ปลวกแดง ระยอง เอฟซี และจันทบุรี เอฟซี พบ สายมิตร กบินทร์บุรี ยูไนเต็ด
โซนภาคใต้ ระนอง ยูไนเต็ด พบ สุราษฎร์ธานี เอฟซี,นรา ยูไนเต็ด พบ ตรัง เอฟซี,พังงา เอฟซี พบ พัทลุง เอฟซี,ปัตตานี เอฟซี พบ นครศรี เฮอริเทจ,สตูล ยูไนเต็ด พบ ภูเก็ต เอฟซี และหาดใหญ่ เอฟซี พบ ยะลา ยูไนเต็ด
โซนภาคกรุงเทพและปริมณฑล จามจุรี ยูไนเต็ด พบ ทหารบก เอฟซี,แอร์ฟอร์ซ โรบินสัน เอฟซี พบ โดม เอฟซี,รังสิต เอฟซี พบ ม.รังสิต,บีซีซี เอฟซี พบ ม.เกษตรศาสตร์ และแบงค็อก บียู เดฟโฟ เอฟซี พบ เกร็กคู ลูกทัพฟ้า ปทุมธานี ส่วนม.นอร์ทกรุงเทพ ยังไม่ลงแข่งขันในสัปดาห์แรก
โซนกรุงเทพและตะวันออก ลูกอีสาน เอฟซี พบ ม.เกษมบัณฑิต,ราชประชา พบ กองเรือยุทธการ,พัทยา เอฟซี พบ ปทุมธานี ยูไนเต็ด,สมุทรปราการ ยูไนเต็ด พบ กบินทร์ เอฟซี,อินเตอร์ พัทยา พบ บ้านบึง ยูไนเต็ด
โซนภาคตะวันตก วานา นาวา หัวหิน พบ บีทียู ส.บุญมีฤทธิ์ ยูไนเต็ด,ชุมพร เอฟซี พบ ม.ราชพฤกษ์,นนทบุรี เอฟซี พบ สมุทรสาคร เอฟซี,ธนบุรี ซิตี้ พบ กรุงธนบุรี เอฟซี และอัสสัมชัญ ยูไนเต็ด พบ เมืองกาญจน์ ยูไนเต็ด และสีหมอก เอฟซี ยังไม่มีโปรแกรมสัปดาห์แรก ซึ่งหากสพล.สมุทรสาคร ยื่นหนังสือเรื่องของการใช้สนามแข่งขันถูกต้อง ภายในวันจันทร์ที่ 14 มี.ค นี้ ก็จะได้สิทธิ์ไปเยือนสีหมอก เอฟซี
โซนภาคตะวันออกเฉียงเหนือ มุกดาหาร ลำโขง พบ กาฬสินธุ์ เอฟซี,หนองคาย เอฟที พบ สุรินทร์ ซิตี้,ขอนแก่น เอฟซี พบ ยโสธร เอฟซี,อุบลราชธานี เอฟซี พบ ร้อยเอ็ด ยูไนเต็ด,มหาสารคาม เอฟซี พบ นครพนม เอฟซี,อุดรธานี เอฟซี พบ สกลนคร เมืองไทย เอฟซี และอำนาจ โปลี ยูไนเต็ด พบ ศรีสะเกษ ยูไนเต็ด
โซนภาคเหนือ อุตรดิตถ์ เอฟซี พบ แพร่ ยูไนเต็ด,กำแพงเพชร เอฟซี พบ ตาก ซิตี้,เพชรบูรณ์ เอฟซี พบ หนองบัวพิชญ เอฟซี,เชียงราย ซิตี้ พบ น่าน เอฟซี,ลำพูน วอริเออร์ พบ พิษณุโลก เอฟซี และพะเยา เอฟซี พบ เลย ซิตี้ อาร์แอร์ไลน์ เอฟซี
สำหรับเงินรางวัลชนะเลิศแต่ละโซน ทีมชนะเลิศรับ 1 ล้านบาท,รองชนะเลิศ 5 แสนบาท โดยคัดเอาอันดับ 1 และ 2 จากทั้ง 8 โซนเข้าไปแข่งขันรอบชปล. 16 ทีมสุดท้าย และ 8 ทีมสุดท้ายจะแข่งแบบเหย้า-เยือน ส่วนรอบรองชนะเลิศ จะแข่งขันแบบน็อคเอาท์
ทั้งนี้ 3 ทีมที่ดีที่สุด อันประกอบด้วย ทีมชนะเลิศ,รองชนะเลิศ และอันดับ 3 จะได้สิทธิ์เลื่อนชั้นสู่ดิวิชั่น 1 ต่อไป โดยทีมชนะเลิศจะได้รับเงินรางวัล 2.5 ล้านบาท,รองชนะเลิศ 1 ล้านบาท และอันดับสาม 5 แสนบาท ประเดิมสนามวันที่ 19 มี.ค นี้ โดยจะมีการแจ้งโปรแกรมให้รับทราบอย่างชัดเจน ภายในวันจันทร์ที่ 14 มี.ค นี้