โดยฤดูกาล 2016 มี 63 ทีม จาก 6 โซน ตบเท้าเข้าร่วมการแข่งขัน แบ่งเป็นโซนภาคเหนือ 11 ทีม ประกอบไปด้วย กำแพงเพชร เอฟซี, ตาก เอฟซี, นครสวรรค์ เอฟซี, น่าน เอฟซี, พะเยา เอฟซี, พิษณุโลก เอฟซี 2015, เพชรบูรณ์ เอฟซี, แพร่ ยูไนเต็ด, ลำพูน วอริเออร์, สิงห์บุรี บางระจัน เอฟซี, อุตรดิถ์ เอฟซี โซนภาคตะวันออกเฉียงเหนือ 10 ทีม ประกอบไปด้วย กาฬสินธุ์ เอฟซี, ขอนแก่น เอฟซี, มหาสารคาม เอฟซี, ยโสธร เอฟซี, ร้อยเอ็ด ยูไนเต็ด, เลย ซิตี้ อาร์แอร์ไลน์, สกลนคร เมืองไทย เอฟซี, หนองคาย เอฟที, มุกดาหาร ลำโขง, หนองบัวพิชญ เอฟซี โซนกรุงเทพฯ 10 ทีม ประกอบไปด้วย

                 ทหารบก เอฟซี, บีซีซี เอฟซี, ม.เกษตรศาสตร์, ม.เกษมบัณฑิต, ม.นอร์ทกรุงเทพ, รังสิต เอฟซี, ลูกพ่อขุน เอฟซี, ลูกอีสาน เอฟซี, ศุลกากร ยูไนเต็ด, อัสสัมชัญ ยูไนเต็ด, ภาคกลางและตะวันออก 13 ทีม ประกอบไปด้วย ทีเอ เบญจมราชูทิศ, จันทบุรี เอฟซี, อินเตอร์ พัทยา, ฉะเชิงเทรา ไฮ-เทค เอฟซี,  เอฟซี, นครนายก เอฟซี, ปราจีน บุรี ยูไนเต็ด, ปลวกแดง ระยอง ยูไนเต็ด, พานทอง เอฟซี, สมุทรปราการ เอฟซี, สระแก้ว เอฟซี, สระบุรี ทีอาร์ยู, สายมิตร กบินทร์ ยูไนเต็ด, ภาคกลางและตะวันตก 12 ทีม ประกอบไปด้วย

               วานานาวา หัวหิน ซิตี้, กรุงธนบุรี, โกลเบล็ก ทีดับเบิลยูดี เอฟซี, เทศบาลเมืองเสนา (อยุธยา ยูไนเต็ด), ธนบุรี ซิตี้, นนทบุรี เอฟซี, ราชประชา, ม.ราชพฤกษ์, ไอพีอี สมุทรสาคร เอฟซี, สีหมอก เอฟซี, อยุธยา เอฟซี, ภาคใต้ 7 ทีม ประกอบไปด้วย นรา ยูไนเต็ด, ปัตตานี เอฟซี, ยะลา ยูไนเต็ด, ระยอง ยูไนเต็ด, ภูเก็ต เอฟซี, พังงา เอฟซี, สุราษฎร์ธานี เอฟซี
   
ส่วนผลการจับสลากประกบของแต่ละโซนมีดังต่อไปนี้

             ภาคใต้ (คัดเอา 3 ทีมผ่านเข้ารอบ) พังงา เอฟซี พบ นรา ยูไนเต็ด, สุราษฎร์ธานี เอฟซี พบ ปัตตานี เอฟซี, ยะลา ยูไนเต็ด พบ ภูเก็ต เอฟซี * ผู้ชนะคู่ระหว่าง พังงา เอฟซี และ นรา ยูไนเต็ด จะพบกับ ระนอง เอฟซี *

                ภาคกลางตะวันตก (คัดเอา 5 ทีมผ่านเข้ารอบ) ราชประชา พบ สมุทรสาคร เอฟซี (ผู้ชนะ จะพบกับ อยุธยา ยูไนเต็ด), โกลเบล็ก พบ ม.ราชพฤกษ์ (ผู้ชนะจะพบกับ กรุงธนบุรี), ธนบุรี ซิตี้ พบ ไอพีอี สมุทรสาคร, วานานาวา หัวหิน พบ สีหมอก เอฟซี, อยุธยา เอฟซี พบ นนทบุรี เอฟซี 
 
               ภาคเหนือ (คัดเอา 4 ทีมเข้ารอบ) นครสวรรค์ พบ กำแพงเพชร เอฟซี (ผู้ชนะจะพบกับ น่าน เอฟซี), ตาก ซิตี้ พบ ลำพูน วอริเออร์ (ผู้ชนะจะพบกับ เพชรบูรณ์ เอฟซี), อุตรดิตถ์ เอฟซี พบ สิงห์บุรี บางระจัน เอฟซี (ผู้ชนะจะพบกับ พิษณุโลก เอฟซี 2015), แพร่ ยูไนเต็ด พบ พะเยา เอฟซี

           ภาคกลางและตะวันออก (คัดเข้ารอบ 6 ทีม) อินเตอร์ พัทยา พบ ปราจีนบุรี (ผู้ชนะจะพบกับ พานทอง เอฟซี), นครนายก เอฟซี พบ สมุทรปราการ เอฟซี, สระบุรี ทีอาร์ยู พบ ฉะเชิงเทรา ไฮ-เทค เอฟซี, ปลวกแดง ระยอง ยูไนเต็ด พบ จันทบุรี เอฟซี, ทีเอ เบญจมราชูทิศ พบ สระแก้ว เอฟซี และ ทวีวัฒนา เอฟซี พบ สายมิตร กบินทร์ ยูไนเต็ด
 
             ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ (คัดเข้ารอบ 4 ทีม) มหาสารคาม เอฟซี พบ กาฬสินธุ์ (ผู้ชนะจะพบกับ ยโสธร เอฟซี), สกลนคร เมืองไทย เอฟซี พบ ขอนแก่น เอฟซี (ผู้ชนะจะพบกับ มุกดาหาร ลำโขง), ร้อยเอ็ด ยูไนเต็ด พบ เลย ซิตี้ อาร์แอร์ไลน์ เอฟซี และ หนองบัวพิชญ เอฟซี พบ หนองคาย เอฟที
 
            ภาคกรุงเทพฯ และปริมณฑล (คัดเข้ารอบ 4 ทีม) ศุลกากร ยูไนเต็ด พบ รังสิต เอฟซี (ผู้ชนะจะพบกับ อัสสัมชัญ ยูไนเต็ด), ทหารบก เอฟซี พบ ลูกพ่อขุน ยูไนเต็ด (ผู้ชนะจะพบกับ ม.เกษมบัณฑิต), ลูกอีสาน ยูไนเต็ด พบ ม.นอร์ทกรุงเทพ และ ม.เกษตรศาสตร์ พบ บีซีซี เอฟซี
 
              สำหรับศึกลูกหนัง โตโยต้า ลีก คัพ 2016 รอบเพลย์ออฟ ดิวิชั่น 2 ทุกโซน จะเริ่มแข่งขันนัดแรกวันที่ 10 ก.พ. 59 และนัดที่สอง วันที่ 17 ก.พ. 59  ยกเว้น โซนภาคใต้ จะลงแข่งขันนัดแรก วันที่ 6-7 ก.พ. 59 และนัดที่สอง วันที่ 10 ก.พ. 59 เพื่อเฟ้นหาตัวแทนของแต่ละภาค ผ่านเข้าสู่รอบ 64 ทีมสุดท้าย ไปรวมกับทีมในไทยลีกและยามาฮ่า ลีก วัน ทีมแชมป์รับรางวัลเงินสด 5,000,000 บาท ที่มา